Nell'ambito del Parco Naturale di Bracciano-Martignano, entro il quale rientra anche la città di Anguillara, sono presenti aree di interesse naturalistico, tra cui i SIC (Siti di Importanza Comunitaria) e le ZPS (Zone di Protezione Speciale).
I SIC sono siti che ospitano habitat naturali e seminaturali, specie animali e vegetali selvatiche di particolare rilievo, secondo la Direttiva Habitat 92/43/CEE.
Le ZPS rappresentano aree tutelate ai fini della Direttiva Uccelli, cioè aree che presentano specie ornitiche di particolare pregio.
Il comune di Anguillara Sabazia è interessato dalla presenza del SIC IT 6030010 (sul sito del Ministero dell'Ambiente sono disponibili la cartografia e il formulario), che è compreso entro la superficie dello specchio lacuale.
E' inoltre presente la ZPS IT6030085 (consulta la cartografia e il formulario), che ricomprende tutta la superficie del SIC, all'interno della quale sono inclusi gran parte del lungolago Belloni e Vigna di Valle, mentre la parte urbana retrostante il lago è esclusa. La ZPS include una trentina di specie di uccelli a rischio di estinzione e quattro habitat protetti.